Esta línea de investigación busca conocer cómo las plantas y hongos perciben las señales ambientales, qué es lo que produce los cambios transcripcionales, metabólicos y fenotípicos. También se trabaja en identificar los efectos que tiene la luz en el tiempo circadiano y en el control de la fisiología fúngica. Se estudiará el papel de la biodiversidad fenotípica en la adaptación al frío, en este punto las levaduras son modelos claves de cómo se han adaptado a fluctuaciones de temperatura.

Esta línea de trabajo aborda cómo los organismos enfrentan cambios ambientales en presencia de otras especies, ya sea para beneficio o de manera perjudicial. Aquí los estudios se centran en los mecanismos moleculares. Se integran las señales ambientales y bióticas, aquí los modelos experimentales se centrarán en Botrytis y Trichoderma, las principales estudiadas

Esta línea de investigación desarrollará nuevos conjuntos de controladores sintéticos, procesamiento de información de luz (interruptores optogenéticos) o compuestos moleculares (señal de nitrato, señales similares a la detección de quórum). Por ejemplo, para el diseño de redes transcripcionales recableadas o la adición de circuitos sintéticos tales como bucles de retroalimentación coherentes / incoherentes. Aquí se generan pruebas de los modelos derivados de la línea 1 y 2.