12 Tutoriales que ayudan al aprendizaje a distancia sobre bioinformática ¿de qué se trata?

by Lorenzo Palma

Hace un año comenzaron las clases universitarias de la primera generación de profesionales formados en pandemia. No tuvieron recibimiento presencial en sus nuevas casas de estudios y solo conocen por cámara web a sus compañeros y profesores.

La pandemia de COVID-19 ha producido un cambio rápido en todas las metodologías de enseñanza, traspasando las estrategias de aprendizaje presencial a estar conectados de manera permanente. Los laboratorios han cerrado momentáneamente o en los mejores casos, se ha restringido y limitados los accesos a los mismos.

El investigador Adjunto del Instituto Milenio de Biología Integrativa (iBio) Dr. César Ramírez, participó de una publicación en la revista Journal of Chemical Education de American Chemical Society y Division of Chemical Education, en la cual presentan los resultados favorables del uso de tutoriales diseñados para la plataforma de computación en la nube Google Colaboratory, donde los estudiantes, sin brechas de acceso a equipamiento computacional, pueden aprender a realizar análisis evolutivos y simulaciones moleculares de secuencias de proteínas, entre varios tipos de análisis.

¿De qué se trata Google Colaboratory? No es una página web común, sino un entorno interactivo, que permite escribir y ejecutar códigos de programación con recursos en la nube, y en el cual se pueden integrar celdas de códigos, texto e imágenes.

En el ámbito de la enseñanza de la bioinformática, que es la disciplina científica que utiliza tecnología de la información y permite con ello, organizar, analizar y distribuir información biológica permitiendo responder preguntas complejas de la biología, se han visto en la necesidad de plantear nuevas fórmulas, entre ellas Google Colaboratory.

El Dr. Ramírez comenta sobre los tutoriales que fueron desarollados como respuesta a no poder utilizar las salas de computación de la universidad debido a la pandemia. “También a evitar que el aprendizaje de los estudiantes estuviese determinado por sus recursos computacionales personales. Con ello, Felipe Engelberger, estudiante de pregrado de mi grupo de investigación, propuso la idea de rediseñar todos los tutoriales de nuestro curso de modelamiento y simulación molecular para poder ejecutarlos en los recursos computacionales gratuitos de Google Colaboratory.” Explicó Ramirez.

Lo notable, que no es necesario tener súper computadoras, ya que en la nube se ejecutan los programas, lo que reduce las diferencias tecnológicas entre estudiantes de distintos países. “Este trabajo demuestra la utilidad de los tutoriales basados en la nube para enseñanza a distancia de bioinformática estructural”, dijo Ramírez.

Aquí podrás revisar los 12 tutoriales. Entre los tutoriales, podrán encontrar revisión de bases de datos moleculares, modelamiento y simulación de proteínas solubles y de membrana, análisis filogenéticos y coevolutivos de información de secuencias de proteínas, entre otros.

Respecto a los tutoriales, el investigador iBio, destacó que son de gran utilidad para quienes estén realizando docencia o que deseen aprender bioinformática y biología computacional, sin tener que invertir en recursos computacionales muy costosos para realizarlo. “El poder cargar texto e imágenes y ejecutar códigos en el mismo documento hacen que estos tutoriales sean también visualmente atractivos y muy interactivos. Por otro lado, estos tutoriales también pueden ser usados como base para realizar investigaciones en estas áreas, en especial pensando en realizar ciencia abierta, por lo que invitaría a investigadores e investigadoras que trabajen en biología computacional a probarlos”.

El investigador adjunto de iBio, comenta que ve con esperanza el uso de Google Colaboratory por parte de la comunidad científica, ya que facilita la enseñanza a estudiantes de diferentes lugares y soluciona en parte la necesidad de contar con grande y muy bien equipados computadores, para el procesamiento y simulación de distintas bases de datos biológicos.

Para conocer los tutoriales y la reflexión sobre los entornos digitales haz clic aquí Cabe destacar que, el Dr. Ramírez, participará presentando estos en el  en el XXXVII Congreso Nacional de Estudiantes de Bioquímica y Carreras Afines, organizado por la ANEB.

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