ENGLISHDESCRIPCIÓN
En este curso aprenderemos los pasos básicos para construir un modelo mecanístico de un circuito de regulación génica, para así poder estudiar la dinámica y propiedades emergentes de un sistema de interés. También discutiremos: (1) los principios biofísicos detrás las representaciones matemáticas más comunes de la regulación génica; (2) cómo modelar el ruido bioquímico y su relevancia biológica; y (3) las propiedades emergentes de la regulación dinámica de circuitos de regulación característicos llamados motivos.
REQUISITOS
- Familiarizados con ecuaciones diferenciales
- Conocimiento básico de biología molecular
TEMARIO
Sesión 1
- Qué son los circuitos de regulación génica y porqué usar el modelaje matemático.
- Pasos para construir un modelo mecanístico y conceptos básicos (e.g. acción de masas, Michaelis-Menten y función de Hill).
- Cómo simular la dinámica de regulación: determinista o estocástico.
- Aplicaciones: Entendimiento vs. Predicción
Sesión 2
- Motivos, análisis de estabilidad y propiedades emergentes (e.g. oscilaciones, biestabilidad y pulsos).
Sesión 3 —Práctica
- Construyendo un modelo de regulación génica. Simulando la dinámica determinista de nuestro modelo.
Sesión 4 —Práctica
- Implementando el algoritmo de Gillespie.
- Simulando la dinámica estocástica de nuestro modelo.
HORARIOS
- 4 sesiones x 1:30hrs
- Fechas: 3, 10, 24 de sept., 1 de oct. Hora: 10:30am-12:00pm (Chile)
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