Investigadores postdoctorales de iBio realizaron Workshop de Análisis de datos de RNA-seq en R

by Lorenzo Palma

Cuatro investigadores postdoctorales del iBio fueron los responsables de dirigir la cuarta versión del workshop que se realizó en abril, mayo y junio del presente año.

Este curso es para enseñar las bases del lenguaje de programación R, con el objetivo de usar esta herramienta para analizar datos de RNA-seq. Se trata de una experiencia asincrónica donde los estudiantes avanzan a su ritmo revisando el material que es entregado semanalmente por el equipo organizador. Entre los materiales se encuentran scripts de línea de comandos y de R explicados paso a paso, y videos explicativos. El aprendizaje de cada módulo es reforzado con una sesión grupal mediante videoconferencia donde se refuerzan los conceptos, se responden dudas que pudieran surgir durante el autoaprendizaje y se resuelven problemas técnicos relacionados con la ejecución de los scripts.

La primera parte del curso consistió en 4 sesiones, que se realizaron entre el 22 de abril y el 13 de mayo de 2022, y se enseñó sobre el uso básico de R, continuando con un taller de diseño de gráficos en R. Desde el 27 de mayo y 17 de junio de 2022 se realizó la segunda parte del curso donde los asistentes aprendieron a realizar análisis de expresión diferencial de datos de RNA-seq obtenidos a partir de distintos diseños experimentales, incluyendo la generación de redes transcripcionales.

Luego de la primera sesión se realizó una primera tarea práctica con el fin de evaluar el aprendizaje de los conceptos y en el uso de R. Sólo quienes aprobaron esta tarea pudieron proseguir con la segunda parte del curso. La segunda parte del curso fue evaluada en una tarea final de la cual depende la aprobación total del curso y, con ello, la certificación entregada por iBio.

Este curso fue dictado por cuatro jóvenes investigadores postdoctorales, Jonathan Maldonado, Nate Johnson, Pablo Villarreal y Tomás Moyano, PhD. Para ellos la importancia de que se aprenda el análisis de datos RNA-seq en R es entregar la independencia de los investigadores para analizar sus propios datos de punta a punta, es decir, tener el conocimiento que les permita trabajar a sus propios tiempos y tomar decisiones adecuadas a sus intereses de investigación. El curso además pretende ser un puente que permita a los asistentes vencer el temor de probar el ambiente unix y R, lo cual les abrirá camino hacia aplicaciones que van más allá del análisis de datos de RNA-seq.

R es un ambiente de análisis estadístico gratuito que, utilizando conceptos de programación, permite analizar todo tipo de datos. No es de extrañar que hoy en día sea la herramienta más citada dentro del ambiente científico.

En total participaron 40 estudiantes y profesionales, desde estudiantes de pregrado (14) a estudiantes de posgrado (21) y posdoctorantes (5). La mayoría pertenecientes a carreras de las ciencias biológicas y asociados con laboratorios del instituto iBio. Además, se destaca la participación de 14 asistentes externos a iBio los cuales inscribieron el curso gracias al llamado público que se efectuó en esta oportunidad.

Tomás Moyano recuerda que, hace unos 12 años, en el laboratorio del profesor Rodrigo Gutiérrez se hizo uno de los primeros análisis de RNA-seq realizados en Chile. “En ese tiempo no habían muchas herramientas disponibles, por lo que se tuvo que crear herramientas, con las cuales logramos identificar genes que responden a tratamientos con nitrato no reportados previamente. En la actualidad, gracias a la baja de los costos de secuenciación, la obtención de este tipo de datos es más frecuente y existen diferentes herramientas de análisis disponibles.  Por lo que aprender a usar este tipo de herramientas puede ser un conocimiento importante para comprender el funcionamiento de un organismo”.

El curso será dictado nuevamente el primer semestre del año 2023, siguiendo la misma modalidad de aprendizaje asincrónico con sesiones grupales vía videconferencia para resolución de dudas.

 

 

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