ENGLISHInvestigación del Dr. Nathan Johnson desarrollará nuevas herramientas bioinformáticas para la identificación de ARNs pequeños en hongos que utilizará para determinar relaciones evolutivas entre especies de ARNs y su asociación con la vida de los hongos.
Dr. Nathan Johnson
Los ARNs pequeños son realmente diminutos, pero son elementos de vital importancia que se encuentran en todos los eucariotas u organismos multicelulares. Su rol principal es el control de la expresión génica y la protección de la integridad genómica. Según la información disponible aún existe una pobre comprensión de su genómica y su evolución en los hongos. Tarea en la que se enfocará esta investigación.
El Fondecyt de Iniciación 2022, financiado por la Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo (ANID), tendrá el desafío de avanzar en el conocimiento de los ARN pequeños de los hongos y lo hará utilizando bibliotecas de secuenciación de hongos ya disponibles, comenta el investigador, quien además pertenece al Centro de Genómica y Bioinformática de la Universidad Mayor.
“Lo que haré es producir anotaciones genómicas que son verdaderos mapas con información detallada, como serían los ríos o las carreteras y montañas, pero en este caso serían las anotaciones de pequeños productores de ARN, que se señalarán y serán fáciles de ver para otras investigaciones del mismo tema. Este proceso incluye usar una metodología validada para la anotación, que permitirá anotar más de 60 especies de hongos”, explicó Johnson.
Están utilizando todos los datos de secuenciación disponibles en repositorios públicos. Básicamente, están volviendo a analizar sistemáticamente los datos que ya se produjeron y publicaron, explica el investigador y detalla que existen algo así como 64 especies con esta información y terminado el estudio espera que logren aumentarlo. “Vamos a analizar todos los datos que podamos encontrar”, aseguró el especialista.
El investigador principal de este Fondecyt es parte del Instituto Milenio de Biología Integrativa (iBio), y sus colaboradores del Fondecyt son la Dra. Elena Vidal y el Dr. José Álvarez, ambos destacados investigadores de la Universidad Mayor y parte del Instituto Milenio.
Nathan explicó que con los resultados del estudio podrán comenzar a ver cómo evolucionan los loci de ARNs pequeños en los hongos y usar la evidencia evolutiva para explorar el papel que pueden desempeñar en los estilos de vida fúngicos, incluida la patogenicidad.
En el año 2022 esperan publicar el primer artículo sobre esta investigación, que incluirá una reevaluación de los ARNs fúngicos derivados de horquilla o pliegues (hairpin en inglés) publicados, tratando de formar las primeras anotaciones centralizadas de estos elementos. “Este importante trabajo explorará algunos de los temas de la anotación de ARNs de hongos y desarrollará un conjunto de control de ARNs de [hairpin] de alta confianza en hongos”.
“Esta adjudicación es un enorme logro para mí. Es mi primera fondo de investigación y realmente permitirá la expansión de mi investigación” concluyó.
