Workshop iBio II: Sesión 7, Práctico de análisis de datos propios

Workshop iBio II: Sesión 6, Análisis funcional de datos omicos

  • Redes de Co-expresión génica. Redes de Interacción TF-target .
  • Análisis estadístico de Redes Biológicas.
  • Uso de bases de datos Anotaciones Funcionales: Gene Ontology (GO), KEGG.
  • Práctico en R/Bioconductor
  • Práctico en Cytoscape

Material:

  1. Archivos clase Tomás Moyano

Workshop iBio II: Sesión 5, Introducción a los análisis omicos

Workshop iBio II: Sesión 4, Práctico Familiarización con R

Workshop iBio II: Sesión 3, Programación en R para Bioinformática

Workshop iBio II: Sesión 2, Estadística para Bioinformática.

Workshop iBio II: Sesión 1, Linux

workshop iBio II: Bioinformática – Consideraciones previas

Acceso a una “terminal” de línea de comandos

Necesitamos que lo asistentes tengan acceso a una “terminal” que les permita interactuar con el sitema operativo desde la línea de comandos en formato unix/linux.

Instalar Unix Shell:

Unix Shell es un interprete de comandos que nos permite enviar instrucciones al sistema operativo. También se conoce como terminal o línea de comando.

Los equipo con sistema operativo MAC o Linux entonces ya cuenta por defecto Unix Shell. Los siguientes pasos describen algunos métodos para identificar y abrir Unix Shell si está instalado. También hay opciones para descargar Unix Shell o un emulador Linux/UNIX.

Linux

El Unix Shell por defecto en sistemas operativos Linux es usualmente Bash.  En la mayoría de las versiones de Linux, es accesible corriendo (Gnome) Terminal(KDE) Konsole o xterm, las que se pueden encontrar en el menú de aplicaciones o en la barra de búsqueda.

Mac OS

El Unix Shell por defecto en computadores Mac es Bash. Para abrir el Terminal, trata uno de los siguientes pasos:

  • Dirígete a la carpeta Aplicaciones. Dentro de Aplicaciones, abre la carpeta Utilities. Localiza Terminal en la carpeta Utilities y ábrelo.
  • Usa la función de búsqueda ‘Spotlight’ de Mac para buscar ‘Terminal’.

Referencia: http://www.macworld.co.uk/feature/mac-software/how-use-terminal-on-mac-3608274/

Windows

Los computadores con sistemas operativos Windows no tienen Unix Shell automáticamente instalado. Si el asistente al curso usa sistema operativo Windows tendrá que resolver el requerimiento para lo cual existen diversas alternativas como por ejemplo instalar los programas PuTTY o mobaXterm.

  • Existe una herramienta de línea de comando Bash shell disponible para Windows 10 la cual recomendamos para los asistentes al Workshop. Este sistema es más que una terminal pues literalmente instala Linux dentro de Windows de forma segura, permitiendo ejecutar la mayoría de los programas localmente. Es conocido como Subsistema de Linux para Windows. La distribución de linux que les recomendamos descargar desde la tienda de Windows es Ubuntu 18.04.
    Instrucciones en sitio no oficial pero bien explicado
    Instrucciones en sitio oficial de Microsoft
  • Adicionalmente, puedes correr comandos Bash desde tu máquina Windows en un computador remoto o servidor que use Unix Shell. Esto usualmente se hace a través de un cliente Secure Shell (SSH). Uno de los clientes disponibles (gratis) para computadores Windows es PuTTY. Esta referencia contiene información para instalar y usar PuTTY, usando la herramienta de linea de comandos de Windows 10, o instalar y usar un emulador Unix/Linux

Si ninguna de estas opciones funciona en tu caso, trata buscando en la web: Unix Shell [modelo de computador][sistema operativo].

Programas requeridos

  • R (instalar la versión 3.6.0): R es un lenguaje de programación muy poderoso para la exploración y visualización de datos y análisis estadísticos. Para interactuar con R, nosotros utilizaremos RStudio que es un potente ambiente de edición de programas en R. (Primero instalar R). Ideal instalar la versión 64bits si es compatible con el equipo.
  • Filezilla: Programa con interfaz gráfica para transferir archivos entre computador local y computador remoto.
  • Cytoscape: Programa para visualizar y analizar redes.

Instalar R:

Windows

Video Tutorial

Instala R (3.6.0) descargando y corriendo el archivo .exe de CRAN. También debes instalar RStudio IDE. Nota: si tus cuentas de usuario y administrador no son las mismas, debes instalar los programas como administrador (click derecho en el archivo .exe y selcciona “Correr como administrador”).

Mac OS

Video Tutorial

Para versiones of Mac OS X 10.11 o mayores, instala R (3.6.0) descargando y corriendo este archivo .pkg de CRAN. Si usas un sistema operativo más antiguo, puedes buscar otras versiones de R aquí. También instala RStudio IDE.

Linux

Puedes descargar los archivos para distribución desde CRAN. O puedes usar tu administrador de paquetes (por ejemplo, para Debian/Ubuntu correr en bash sudo apt-get install r-base y para Fedora correr sudo dnf install R). También necesitamos instalar RStudio IDE.

Workshop iBio II: Bioinformática – Programa

6-9 agosto y 21-23 de agosto

Semana 1

Sesión 1: Linux .  6 agosto 14:00 – 17:00, sala biblioteca, piso 5, edificio 210, UC Casa Central. Instructores: Paulo Canessa y Jonathan Maldonado. 

  • Comandos básicos
  • Conectarse a terminales
  • Instalar programas
  • Tipos de archivos datos omicos

Sesión práctica instalación de programas

Sesión 2: Estadística para Bioinformática. 7 agosto 14:00 – 17:00, sala Multiproposito 2, piso 5, edificio 210, UC Casa Central. Instructores: Isabel Mujica y Francisco Cubillos. 

  • Estadística clásica: hipótesis nula, hipótesis alternativa, valores p.
  • Test clásicos, anova etc
  • Diseño experimental
  • Corrección por múltiples comparaciones: valores p ajustados.
  • Estadística bayesiana: Teoría de decisión y probabilidades a posteriori.

Sesión 3: Programación en R para Bioinformática. 8 agosto 14:00 – 17:00, Sala biblioteca, piso 5, edificio 210, UC Casa Central. Instructores: Tomás Moyano y Jonathan Maldonado 

  • Introducción a la programación en R y uso RStudio.
  • Tipos de variables: vectores, matrices, factores, data frames, listas.
  • Scripts Flujos de control y condicionales, loops, Funciones, familia apply.

Sesión 4: Practico Familiarización con R. 9 agosto  14:00 – 17:00, Sala biblioteca, piso 5, edificio 210, UC Casa Central. Instructores: Tomás Moyano y Jonathan Maldonado.

Semana 2

Sesión 5: Introducción a los análisis omicos. 21 agosto 09:30 – 13:00, UC Casa Central, Sala Gay (piso -1 edificio de Decanato). Instructores: Jonathan Maldonado y Tomás Moyano .  

  • Transcriptómica de modelos
  • Trabajo con archivos FASTA, FASTQ, BAM, BED, csv, txt.
  • Análisis de expresión diferencial
  • Mapeo de secuencias con kallisto.
  • Práctico: Análisis estadístico de expresión diferencial

Sesión 6: Análisis funcional de datos omicos. 21 agosto 14:00 – 17:30, UC Casa Central, Sala Gay (piso -1 edificio de Decanato). Instructores: Carlos Villarroel, Evelyn Sanchez y Tomás Moyano

  • Redes de Co-expresión génica. Redes de Interacción TF-target .
  • Análisis estadístico de Redes Biológicas.
  • Uso de bases de datos Anotaciones Funcionales: Gene Ontology (GO), KEGG.
  • Práctico en R/Bioconductor
  • Práctico en Cytoscape

Sesión 7: Práctico de análisis de datos propios. 23 agosto 14:00 – 17:30, UC Casa Central, Sala Gay (piso -1 edificio de Decanato). Instructores: Carlos Villarroel, Evelyn Sanchez y Tomás Moyano